Max Home IndustryВ новом исследовательском документе кратко излагается состояние страны, когда дело доходит до использования графических процессоров для реализации молекулярного моделирования, и делается вывод, что она, наконец, «достигла совершеннолетия».
Резюме статьи, опубликованное в Journal of Molecular Graphics and Modeling, очень хорошо объясняет текущую позицию:
Графические процессоры (GPU) традиционно использовались в молекулярном моделировании исключительно для визуализации молекулярных структур и анимации траекторий в результате моделирования молекулярной динамики. Современные графические процессоры превратились в полностью программируемые сопроцессоры с массовым параллелизмом, которые теперь можно использовать для ускорения многих научных вычислений, обычно обеспечивая ускорение примерно на один порядок по сравнению с кодом ЦП и в особых случаях обеспечивая ускорение на два порядка. В этой статье рассматривается развитие алгоритмов молекулярного моделирования, которые используют вычисления на GPU, уже достигнутые успехи и остающиеся проблемы, которые необходимо решить, а также продолжающееся развитие технологии GPU, которая обещает стать еще более полезной для молекулярного моделирования. Ожидается, что аппаратное ускорение с помощью обычных графических процессоров принесет пользу всему сообществу вычислительной биологии, повысив производительность настольных рабочих станций в терафлопсах и в некоторых случаях потенциально превратив ранее выполнявшиеся в пакетном режиме вычислительные задачи в интерактивные.
Идея о том, что GPU может революционизировать вычислительную науку таким образом, является захватывающей и открывает всевозможные новые возможности для создания программного обеспечения.
К сожалению, если вы хотите прочитать больше, вам придется либо запросить копию у авторов (они, кажется, отправляют копию в формате PDF автоматически), либо заплатить смехотворный 31 доллар, чтобы загрузить PDF — если ваше академическое учреждение уже не имеет подписки на журнал. .
Джон Э. Стоун, Дэвид Дж. Харди, Иван С. Уфимцев и Клаус Шультен. Развитие молекулярного моделирования с ускорением на GPU. Журнал молекулярной графики и моделирования, 29: 116-125, 2010.